Bonjour,
Normalement : 1 bail = 1 quittance
Les colocataires doivent être solidaires du paiement du loyer, donc si un n'a pas payé sa part, l'autre ne doit pas avoir de quittance. En parallèle, vous pouvez leur faire séparément des reçus, mais cela n'a aucune valeur.
Concernant les APL, s’ils se déclarent en collocation, cela n'aura pas d'impact. Par contre, ils ne pourront pas tricher et se déclarer chacun dans un logement séparé pour avoir plus d'aides, ce qui est en soit mieux.